内蒙古科学技术出版社成立于1982年7月21日，前身是辽宁人民出版社蒙文编译室。随着行政区划的变更，辽宁人民出版社蒙文编译室于1979年7月改名为内蒙古人民出版社昭乌达编译室。当时，主要出版政治理论、文学艺术、科学技术类的图书。1982年国家出版局下达“〔82〕出版字第373号”文件，将内蒙古人民出版社昭乌达编译室改建为内蒙古科学技术出版社，出版方向确定为蒙古文自然科学类图书。从那天起，在上级主管部门的正确领导和我社历届领导班子以及全社职工的不懈努力之下，内蒙古科学技术出版社有了长足的发展。
内蒙古科学技术出版社现有在岗职工50名、离退休人员30名。现任社长巴图巴雅尔。该社下设办公室、总编室、财务科、第一编辑室、第二编辑室、第三编辑室、第四编辑室、第五编辑室、图书开发部、图书发行部、防盗版办公室等11个科室和一家图文制作公司。
内蒙古科学技术出版社，始终坚持“为人民服务、为社会主义服务，以普及为主、兼顾提高”的出书方针；“注重地区特色、民族特点”的出书风格；“立足本区、面向全国、走向世界”的发展蓝图，为民族地区的经济建设、科技进步及劳动者素质的提高做出了积极的贡献。
建社以来，我社共出版蒙汉文图书2000多种。其中，《中国少数民族传统医药大系》、《蒙古族民俗百科全书·经济卷》、《蒙医传统疗法大成》、《蒙古人与马——蒙古族马文化大全》等4种图书荣获中国图书奖；《蒙医学新论》、《蒙古文信息处理》等2种图书荣获国家图书奖；《草原之子廷·巴特尔》一书荣获全国“五个一工程”奖；《蒙医药注释大辞典》一书荣获首届中国出版政府奖；《药物鉴别法》等3种图书荣获世界传统医学优秀科技成果奖；《蒙古民族服饰》、《中国针灸临床与应用丛书》（汉文）等190多种图书分别荣获中国民族图书奖、全国优秀科技图书奖和内蒙古图书奖等省部级以上奖。
